Puoi usare la parte SET di LOAD DATA INFILE e non hai bisogno del materiale di escape 0x:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
Quindi assegni la colonna a una variabile, quindi imposti la colonna sulla versione UNHEXed di quella variabile:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)
