Mysql
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Come recuperare/ricreare il database 'mysql' predefinito di mysql

Se sei ancora in grado di accedere (presumo che non lo sia poiché non c'è una tabella utente) e hai dei database da salvare, scaricali con

mysqldump --routines databasename > outfile.sql

Il database MySQL può essere ricreato con il comando

# Most MySQL versions
mysql_install_db

# MySQL 5.7 and later
mysqld --initialize

Documentazione MySQL qui