potresti farlo in questo modo:
$ids = array(1,5,18,25);
// creates a string containing ?,?,?
$clause = implode(',', array_fill(0, count($ids), '?'));
$stmt = $mysqli->prepare('SELECT * FROM somewhere WHERE `id` IN (' . $clause . ') ORDER BY `name`;');
call_user_func_array(array($stmt, 'bind_param'), $ids);
$stmt->execute();
// loop through results
Usando questo stai chiamando bind_param per ogni id e hai fatto l'ordinamento da mysql.