Penso che quello che stai riscontrando sia una limitazione della console MySQL. Dato un elenco di istruzioni, la console MySQL le esegue indipendentemente da eventuali errori generati. Anche se hai implementato alcuni dei suggerimenti per la generazione di errori menzionati nei commenti precedenti, la console MySQL non interromperà l'esecuzione quando si verifica un tale errore.
Presumo che tu non abbia le risorse per applicare un linguaggio di scripting al problema che potrebbe eseguire il tuo SQL per te e gestire gli errori. Penso che in questo caso tu abbia solo bisogno di uno strumento più robusto rispetto alla console MySQL.
Amministratore MySQL fa quello che ti serve, se ho capito bene il tuo problema. Se imposti la tua connessione MySQL e ti connetti al database, hai due strumenti disponibili dal menu Strumenti. La normale console MySQL è lì, ma hai anche MySQL Query Browser.
Se apri il browser delle query, ottieni una visualizzazione grafica decente dei tuoi database MySQL. File -> Apri script per aprire il tuo script SQL, quindi usa il pulsante Esegui.
Ottieni una bella barra di avanzamento e, soprattutto dai suoni, se una query non riesce, l'esecuzione dello script si interrompe ed evidenzia la query non riuscita. Puoi scegliere di ignorarlo e continuare, o anche modificare manualmente i tuoi dati e avviare da qualche altra parte più in basso nello script.
Ho abbandonato la console MySQL quasi immediatamente una volta scoperto e provato Administrator.
