PDO non consente l'esecuzione di più istruzioni in una richiesta query(). Ma la tua variabile @ra_LMC dovrebbe essere visibile nella connessione corrente, quindi puoi inserire la tua seconda riga (SELECT) in una nuova chiamata a query().
Per leggere un intero script, devi analizzare il file ed eseguire ogni istruzione con una chiamata a query().