Potresti essere in grado di eseguire una sorta di sincronizzazione dei dati utilizzando i trigger (se la tua versione di mysql li supporta). Ti consentono di eseguire piccoli frammenti di SQL in determinati punti, ad esempio dopo che i dati sono stati inseriti o eliminati da una tabella.
Ad esempio...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Ogni volta che i dati vengono inseriti nella tabella INNODB, gli stessi dati vengono automaticamente inseriti nella tabella MYISAM.