Probabilmente era una corruzione dei dati di InnoDB. Ho aggiunto
innodb_force_recovery = 2
su my.ini, ho riavviato il DB e sono stato in grado di scaricare tutti i dati e recuperarli.
Tieni presente che utilizza questo, leggi la documentazione prima: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html
