Puoi avvolgerlo in una sottoquery in questo modo. Il problema è che MySQL non può aggiornare le righe che sta anche interrogando. Ciò consentirà a MySQL di utilizzare implicitamente una tabella temporanea per memorizzare gli ID che desideri eliminare.
DELETE FROM tasks
WHERE tasks.id IN
(
SELECT id FROM
(
SELECT tasks.id
FROM tasks
JOIN deadlines ON deadlines.id = deadline_id
WHERE DATE_ADD(tasks.created_at, INTERVAL deadlines.duration DAY) <= NOW()
) AS taskstodelete
)