Il carattere di escape predefinito è \ . Quindi basta anteporre % con un \ come:\% :
Il manuale dice chiaramente:
Cerca % in Stack%Overflow :
mysql> select 'Stack%Overflow' like '%\%%';
+------------------------------+
| 'Stack%Overflow' like '%\%%' |
+------------------------------+
| 1 | <----- Found
+------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)
Cerca % in StackOverflow :
mysql> select 'StackOverflow' like '%\%%';
+-----------------------------+
| 'StackOverflow' like '%\%%' |
+-----------------------------+
| 0 | <----- Not Found
+-----------------------------+
1 row in set (0.00 sec)
MODIFICA:
Se stai chiamando questa query da PHP, dovrai usare \\ . Questo perché anche PHP usa \ come il personaggio di fuga. Quindi fai in modo che MySQL ottenga un \ devi avere \\ in PHP.