Puoi farlo impostando set_time_limit nel tuo codice php (impostato su 0 per nessun limite)
set_time_limit(0);
Oppure modificando il valore di max_execution_time direttamente nel tuo php.ini
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; Resource Limits ;
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; Maximum execution time of each script, in seconds
; http://php.net/max-execution-time
; Note: This directive is hardcoded to 0 for the CLI SAPI
max_execution_time = 120
O modificandolo con ini_set()
ini_set('max_execution_time', 120); //120 seconds
ma nota che per questa terza opzione:
Fonte www.php.net