Mysql
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Imposta il tempo massimo di esecuzione in MySQL / PHP

Puoi farlo impostando set_time_limit nel tuo codice php (impostato su 0 per nessun limite)

set_time_limit(0);

Oppure modificando il valore di max_execution_time direttamente nel tuo php.ini

;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; Resource Limits ;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

; Maximum execution time of each script, in seconds
; http://php.net/max-execution-time
; Note: This directive is hardcoded to 0 for the CLI SAPI
max_execution_time = 120  

O modificandolo con ini_set()

ini_set('max_execution_time', 120); //120 seconds

ma nota che per questa terza opzione:

Fonte www.php.net