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C'è qualche danno nel resettare l'autoincremento?

Potenzialmente molto pericoloso, perché puoi recuperare un numero già in uso.

Quello che proponi è reimpostare la sequenza su 1 di nuovo. Produrrà solo 1,2,3,4,5,6,7,.. e così via, indipendentemente dal fatto che questi numeri siano in una lacuna o meno.

Aggiornamento: Secondo la risposta di Martin, a causa dei pericoli coinvolti, MySQL non ti permetterà nemmeno di farlo. Azzererà il contatore almeno al valore corrente + 1.

Ripensate a quale vero problema provoca l'esistenza di divari. Di solito è solo una questione estetica.

Se il numero diventa troppo grande, passa a un tipo di dati più grande (bigint dovrebbe essere abbondante).