MySQL a partire dalla v5.1 supporta solo operazioni su minimi rettangoli di delimitazione (MBR) . Mentre esiste un "Contiene " funzione che farebbe ciò di cui hai bisogno, non è completamente implementata e ricorre all'utilizzo di MBRContains
Da pagina del manuale pertinente
Quello che potresti fare è lasciare che MySQL ti dia un risultato approssimativo basato su MBR, quindi post-elaborarlo per eseguire un test più accurato. In alternativa, passa a PostGIS !
(Aggiornamento maggio 2012 - grazie Mike Toews)
MySQL 5.6.1+ offre funzioni che utilizzano forme oggetto anziché MBR