Senza un indice, il mantenimento di una colonna di incremento automatico diventa troppo costoso, ecco perché MySQL richiede che una colonna di incremento automatico sia la parte più a sinistra di un indice.
Dovresti rimuovere la proprietà di incremento automatico prima di rilasciare la chiave:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL;
ALTER TABLE user_customer_permission DROP PRIMARY KEY;
Nota che hai una PRIMARY KEY composta che copre tutte e tre le colonne e id non è garantito che sia unico.
Se risulta essere univoco, puoi farlo diventare una PRIMARY KEY e AUTO_INCREMENT ancora:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;