Non è possibile utilizzare un parametro in una query del genere. Senza entrare nella logica alla base di questo, l'opzione migliore è concatenare la stringa di query prima di creare una query
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
MODIFICA
Per quanto riguarda NamedQueries, vengono compilati all'avvio dell'applicazione, quindi non credo ci sia un modo per modificare l'entità di destinazione (tabella) in fase di esecuzione.