Questo è un modo per farlo. Primo ordine in base al numero prima di . e poi dai numeri dopo .
select version_number
from mytable
order by substr(version_number, 1, instr(version_number,'.')-1) desc
,length(substr(version_number, instr(version_number,'.')+1)) desc
,substr(version_number, instr(version_number,'.')+1) desc
