Usa Python per caricare i dati in MySQL

Sì, è possibile, dovrai leggere i dati dai file CSV utilizzando il modulo CSV.

http://docs.python.org/library/csv.html

E inietta i dati usando il binding Python MySQL. Ecco un buon tutorial per iniziare:

http://zetcode.com/databases/mysqlpythontutorial/

Se conosci già Python sarà facile