Dipende molto dalla relazione tra i tuoi oggetti (ovvero il rapporto tra il numero di oggetti su ciascun lato della relazione e la frequenza degli aggiornamenti), quindi dipende dalla tua applicazione e dai tuoi requisiti.
Una buona risorsa da considerare (che potresti considerare come "migliore pratica") è il blog di MongoDB sulla denormalizzazione:
http:/ /blog.mongodb.org/post/87200945828/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-1
http:/ /blog.mongodb.org/post/87892923503/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-2
http:/ /blog.mongodb.org/post/88473035333/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-3
in breve, perché è un argomento ampio:stiamo parlando di relazione N-N, e dipende dal rapporto di N
Se gli oggetti sono immutabili, si consiglia di nidificarli in un altro oggetto poiché non dovrai occuparti di aggiornamenti e la ricerca diventa banale.
Se gli oggetti non sono immutabili, devi ponderare il costo degli aggiornamenti rispetto al costo della ricerca in una raccolta per cercare l'ID, quindi cercare nell'altra raccolta gli oggetti associati a quello/a quegli ID.
