il problema è qui
const app = require("../index.js"); // the express server
Ogni volta che provi a richiedere index.js
tecnicamente copi e incolla tutto il codice dall'interno di index.js
al tuo script di prova.
Poiché esegui più file di test contemporaneamente, ogni test tenta di eseguire lo stesso codice all'interno di index.js
Puoi leggere di più su questo http://fredkschott. com/post/2014/06/require-and-the-module-system/