MongoDB Raggruppa per campo, contalo e ordinalo desc

Guardando la tua query sql, sembra che tu voglia ordinare per conteggio. Quindi anche nella query mongo dovresti menzionare countA come campo di ordinamento.

db.coll.aggregate([
  {
     $group: { 
        _id: "$mainsubject.code", 
        countA: { $sum: 1}
     }
  },
  {
    $sort:{'countA':1}
  }
])