Suggerirei di memorizzare i voti come un elenco di storie _id s in ogni utente. In questo modo puoi scoprire quali storie ha votato un utente semplicemente guardando l'elenco. Per ottenere gli utenti che hanno votato per una storia puoi fare qualcosa come:
db.users.find({stories: story_id})
dove story_id è il _id della storia in questione. Se crei un indice sulle stories entrambe le query saranno veloci.
