Prova questo, ha funzionato per me:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$id": ObjectID("4e2d48ab580fd602eb000004")})
Puoi anche recuperare tutti gli elementi che hanno il riferimento alla raccolta:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$ref": "somecollection"})
