Secondo la versione Note per MongoDB 3.6 https://docs.mongodb.com/manual/release-notes/3.6/
(@ Driver compatibili) per accedere alle funzionalità di mongodb 3.6 è necessario utilizzare il driver del nodo 3.x.
Sembra che il driver sia nello stato RC (al momento di questa risposta) .https://github.com/mongodb/node-mongodb-native/releases
E come tale, probabilmente, Mongoose sta ancora aspettando di iniziare a usarlo.https://github.com/Automatic/mongoose/blob/master/package.json
Quindi devi aspettare che queste cose siano sistemate o, naturalmente, puoi provare a sistemare le cose da solo fino a quando l'adattamento ufficiale non sarà completato.
-- Aggiorna --
Ora funziona bene.
