In effetti hai anche una terza possibilità :key: ""
(valore vuoto)
E dimentichi una specificità sul valore nullo. Query su key: null
ti recupererà tutti i documenti in cui la chiave è nulla o dove la chiave non esiste.
Quando una query su $exists:false
recupererà solo il documento in cui la chiave del campo non esiste.
Per tornare alla tua domanda esatta, dipende dalle tue query e da quali dati rappresentano. Se è necessario mantenerlo, ad esempio, un utente ha impostato un valore e quindi annullato l'impostazione, è necessario mantenere il campo come nullo o vuoto. Se non ti serve, puoi rimuovere questo campo.