Mongodb findOne() non restituisce il valore nodejs

findOne restituisce una promessa , devi attendere che si risolva per leggere i valori.

cambia la tua funzione in questo:

module.exports = async function (req, res, next) {
  const headToken = req.header('token');
  const token = await Token.findOne({ token: headToken })
  ... 
}