Perché vuoi fare qualcosa con JSON? Non puoi semplicemente utilizzare l'oggetto Document recuperato (il driver ha già analizzato JSON per preparare quell'oggetto per te) e mapparlo sul tuo POJO nel codice?
(e chissà, forse in molti casi la conversione potrebbe non essere affatto necessaria, poiché Document implementa Map, hai nomi in POJO e Document che corrispondono tra loro, e quindi dovrebbe essere trattato bene da un motore di modelli non complesso. ..)