Prima di tutto devi aprire un endpoint nel tuo server. Mongodb è un database e quindi puoi accedervi dal tuo back-end, implementando un controller o qualcosa di simile. Quindi puoi effettuare una chiamata API a quell'endpoint.
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};