Dipende dal tipo di aggiornamenti che stai facendo. Se questi aggiornamenti fanno crescere il tuo documento (array push o simili), allora sì, avrai una certa frammentazione. Gli aggiornamenti sul posto ($inc) non causano lo spostamento del documento (nessuna frammentazione).
A proposito, non è frammentazione in sé, ma piuttosto spazio sprecato. Cioè, se il documento viene spostato in una nuova posizione, la sua vecchia posizione non verrà riutilizzata.
