MongoDB - aiuto con una query PHP

Devi usare la notazione del punto:

foreach($horses as &$horse)
{
    $newdata=array('$set'=>array('horses.odds'=> array($horses['odds'] => $price)));
    $filter=array("marketId"=> $marketId);
    $c->update($filter,$newdata);
}

Vedi http://www.mongodb.org/ display/DOCS/Punto+Notazione+%28Raggiungere+in+oggetti%29 .