Mongoose tenta di impostare un ObjectId per impostazione predefinita. Puoi sopprimerlo con quanto segue:
var categorySchema = mongoose.Schema({
_id: String,
ancestors: [{type: String }],
parent: {type: String}
},{ _id: false });
var Category = mongoose.model( "Category", categorySchema );
E notando che c'è un solo schema per il tuo layout.