Ti suggerisco di seguire questa guida: http://www.codeproject.com/Articles/81413/Windows-Azure-Drives-Part-1-Configure-and-Mounting . Questa guida spiega come montare l'unità, ma mostra anche come salvare la lettera dell'unità come variabile di ambiente.
Questo è interessante perché quando avvii l'istanza mongo, puoi semplicemente usare questa variabile di ambiente insieme a --dbpath. Forse sarebbe meglio incapsulare tutto il codice in un'applicazione console in modo da poterla avviare semplicemente prima di avviare l'istanza mongo.
