Come consentire il campo nullo durante l'aggiornamento in Mongoose?

Crea il tuo update oggetto a livello di codice per non includere 'contact.phone' quando non fornito:

var update = {
    name : venue.name
};
if (venue.contact.formattedPhone) {
    update['contact.phone'] = venue.contact.formattedPhone;
}
Venue.update({_id : venue.id}, update, {upsert: true, safe:false}).exec();