Come aggiornare il documento incorporato in Mongoose?

quando hai già l'utente, puoi semplicemente fare qualcosa del genere:

var listing = req.user.userListings.id(req.params.listingId);

listing.isRead = args.isRead;
listing.isFavorite = args.isFavorite;
listing.isArchived = args.isArchived;

req.user.save(function (err) {
  // ...
});

come si trova qui:http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html

* * avviso * *

come ha sottolineato @zach, devi dichiarare lo schema del documento secondario prima dello schema del documento effettivo per poter utilizzare id() metodo.