Come posso aggiornare un documento secondario Mongoose in un metodo di istanza?

Se i data proprietà è un documento secondario che puoi facilmente usare populate e aggiornalo:

Region.findOne({ _id: regionId })
  .populate('data')
  .exec(function (err, region) {
    // ...

    var data = region.data, // data container
        dataItem = data[0];

    dataItem.property = 'some value';
    dataItem.save(function (err, item) {
      //...
    });

    // or
    dataItem.update({ $set: { property: 'some value' }}, function (err, item) {
      // ...
    });

  });