$ aggiungi con alcuni campi come Null che restituisce il valore della somma come Null

Puoi fare due proiezioni, la prima usando $ifNull che è simile a nvl:

db.students.aggregate([
  { $project: { final: 1, midterm: 1, extraMarks: { $ifNull: [ "$extraMarks", 0 ] } } }, 
  { $project: { examTotal: { $add: [ "$final", "$midterm","$extraMarks" ] } } } 
])