Come proiettare/filtrare le chiavi incorporate applicando la regex sulla chiave

Non puoi usa regex nella proiezione. Devi specificare esplicitamente la projection argomento al .find() metodo

db.collection.find({}, 
    { 
        "data.2007.actual": 1, 
        "data.2007.upper_end_of_range": 1, 
        "data.2008.actual": 1, 
        "data.2008.upper_end_of_range": 1, 
        "table_name": 1 
    }
)