Cosa c'è di sbagliato nella query di rimozione di MongoDB utilizzando mongodb java per il sottoarray di documenti?

Invece di rimuovere, prova $pull codice del metodo come di seguito

BasicDBObject match = new BasicDBObject("_id", object id here);
BasicDBObject update = new BasicDBObject("nodes", new BasicDBObject("index", 7)))
node_info.update(match, new BasicDBObject("$pull", update);