Quello che stai cronometrando qui è il tempo impiegato dal nodo per avviarsi, caricare il modulo mongo e solo dopo connettersi. Scoprirai che la maggior parte di questo non si collega al DB stesso, ma piuttosto analizza, carica ed esegue l'intero script.
Prova a eseguire il timing dall'interno dello script dopo il mongodb
modulo è stato caricato.