MongoDB include un semplice profiler. Vedi qui:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+ Profiler
Se imposti il livello di profilatura su 2, tutte le query verranno scritte nella raccolta "system.profiler" in modo da poter dare un'occhiata. Se si imposta il livello di profilatura su 1, verranno scritte solo le query lente (per impostazione predefinita queste sono definite come query più lente di 100 ms, ma questo è un parametro configurabile).
Per la diagnosi di query lente, anche la funzionalità "spiega" è molto utile. Vedi quihttp://www.mongodb.org/display/DOCS/Explain
Una volta che sai quali query sono lente, puoi utilizzare Spiega per capire quale indice sta utilizzando (o non utilizzando) il database.