Qual è l'architettura di base di un'app node.js + mongodb?

Puoi provare il driver nativo di node mongodb per questo; node-mongodb-native

Esempio di inserto;

var mongodb = require('mongodb');
var server = new mongodb.Server("127.0.0.1", 27017, {});
new mongodb.Db('test', server, {}).open(function (error, client) {
  if (error) throw error;
  var collection = new mongodb.Collection(client, 'test_collection');
  collection.insert({hello: 'world'}, {safe:true},
                    function(err, objects) {
    if (err) console.warn(err.message);
    if (err && err.message.indexOf('E11000 ') !== -1) {
      // this _id was already inserted in the database
    }
  });
});