Ho cercato di riprodurre quello che avevi fatto. Ho ucciso un database usando db.dropDatabase() dopo averne eseguito il backup :-) Il nome del db era 'gacheter'. Prima di eliminare la cartella mongodb conteneva 3 file (il db non è vuoto):
- gacheater.ns
- gacheater.1
- gacheater.2
dopo aver eliminato questi file sono scomparsi. Pertanto penso che mongodb rimuova davvero i tuoi dati .
Quindi l'unica scelta che hai è provare a ripristinare i file dal filesystem
PS:MacOS 10.5, MongoDB 1.8.2