Ho trovato una soluzione al problema. Il new UuidCodec(UuidRepresentation.STANDARD)
deve essere in prima posizione. Il mio codice è simile al seguente:
private static final CodecRegistry CODEC_REGISTRY = CodecRegistries.fromProviders(
Arrays.asList(new UuidCodecProvider(UuidRepresentation.STANDARD),
new ValueCodecProvider(),
new BsonValueCodecProvider(),
new DBRefCodecProvider(),
new DBObjectCodecProvider(),
new DocumentCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new IterableCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new MapCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new GeoJsonCodecProvider(),
new GridFSFileCodecProvider(),
new Jsr310CodecProvider(),
new BsonCodecProvider()));
Quel comportamento non è molto carino ed è forse un bug. Spero che questo aiuti alcuni di voi.