JSON.stringify normalmente non rimuove gli oggetti vuoti, quindi questo è specifico della mangusta.
Consiglierei di provare .toObject() o .toJSON()
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
Questo verrà chiamato durante .stringify, quindi probabilmente è ciò che sta tagliando gli oggetti vuoti.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
Quindi prova prima questo:
JSON.stringify(obj.toObject());