Che si tratti di best practice o meno è un argomento altamente discutibile. Ad esempio, devi tenere a mente il limite della dimensione dell'oggetto (attualmente 4 MB, ma aumenterà presto).
per quanto riguarda la tua domanda:ti consiglio di cambiare
embeds_many :replies, :class_name => 'Message'
embedded_in :message, :inverse_of => :replies
a
embeds_many :replies, :class_name => 'Message'
referenced_in :message
E dovrai anche specificare manualmente entrambe le connessioni (questo non dovrebbe essere un problema, poiché probabilmente sono comunque immutabili).
irb(main):002:0> msg1 = Message.new :subject => 'new question'
=> #<Message _id: 4cc7699f457601d7e8000001, created_at: nil, body: nil, updated_at: nil, subject: "new question", read_at: nil, sender_deleted: false, message_id: nil, recipient_deleted: false>
irb(main):003:0> msg2 = Message.new :subject => 'first comment'
=> #<Message _id: 4cc769b6457601d7e8000002, created_at: nil, body: nil, updated_at: nil, subject: "first comment", read_at: nil, sender_deleted: false, message_id: nil, recipient_deleted: false>
irb(main):005:0> msg2.message = msg1
=> #<Message _id: 4cc7699f457601d7e8000001, created_at: nil, body: nil, updated_at: nil, subject: "new question", read_at: nil, sender_deleted: false, message_id: nil, recipient_deleted: false>
irb(main):007:0> msg1.replies << msg2
=> [#<Message _id: 4cc769b6457601d7e8000002, created_at: nil, body: nil, updated_at: nil, subject: "first comment", read_at: nil, sender_deleted: false, message_id: BSON::ObjectId('4cc7699f457601d7e8000001'), recipient_deleted: false>]
irb(main):008:0> msg1.save
=> true
