Posso davvero riprodurlo. Utilizzo di un indice univoco per 2dsphere
non è qualcosa che penso che dovrebbe essere supportato. La risoluzione dell'indice non è abbastanza alta per vedere che i tuoi due punti non sono gli stessi. La nostra implementazione dell'indice S2 utilizza solo "celle" con un lato minimo di 500 m e i tuoi punti sono a circa 65 metri di distanza l'uno dall'altro.
C'è un'affascinante presentazione su https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 questo spiega come funziona l'indice.
Per ora, però, non credo che ci sia una soluzione al tuo problema, ma farò altre indagini.