Ho avuto lo stesso problema con mongo 3.0.0 e 3.1.9 con un database relativamente piccolo (12 GB).
Dopo aver perso circa 4 ore di tempo su questo, ho trovato una soluzione alternativa utilizzando nascosto parametro
mongorestore --batchSize=10
dove il numero varia a seconda della natura dei tuoi dati. Inizia con 1000.
