Trova l'oggetto in base all'elemento dell'array, restituisce solo l'elemento dell'array corrispondente?

Puoi includere entrambi i termini id in una singola query e la proiezione del singolo elemento continuerà a funzionare:

Person.findOne({_id: personId, 'things.id': 2}, {'things.$': 1}, 
    function(err, person) { ...