Per impostare l'opzione di timeout per la funzione aggregata dovresti usare command
funzione dell'istanza dell'oggetto MongoDB. Ad esempio:
$result = $database->command(
array(
'aggregate' => $my_collection,
'pipeline' => array(
array('$match' => $filter_query),
array('$group' => array('_id'=>'$email')),
array('$skip'=>$offset),
array('$limit'=>$per_page)
)
),
array( 'timeout' => $timeout )
);
Per ulteriori informazioni, fare riferimento alla documentazione