La trasmissione e la serializzazione di tutto da e verso il client php probabilmente aggiunge molto sovraccarico. L'esecuzione delle migrazioni dalla shell sarà la più veloce. Scrivili con un aggiornamento oppure usa un cursore con forEach per iterare ed effettuare chiamate a salva .
Guarda un esempio di utilizzo dei cursori MongoDB aggiorna più record di array (verso il basso).
Tieni presente istantanea problemi con i cursori. Probabilmente vuoi un aggiornamento idempotente o usa uno snapshot se la raccolta non è partizionata.