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Rimodella tutti i documenti della collezione

Puoi utilizzare l'aggregation in particolare $project operatore per quello. Il $out operatore ti consente di scrivere il risultato in un'altra raccolta.

db.collection.aggregate([
    { "$project": {
        "_id": "$_id", 
        "name": "$item.name",
        "price": "$item.price", 
        "quantity": "$item.quantity", 
        "date": "$item.date"}
    }, 
    { "$out": "collection"}
])

I tuoi documenti ora sono così:

{
    "_id" : 1,
    "name" : "abc",
    "price" : 10,
    "quantity" : 2,
    "date" : ISODate("2014-03-01T08:00:00Z")
}

Puoi anche sovrascrivere la raccolta preesistente assegnando lo stesso nome alla nuova raccolta di risultati ma questo.