Mongoose, estrai dal documento secondario

Sembra che il MongooseArray#pull il metodo funziona solo se i tuoi elementi hanno _id proprietà.

Trovo più facile utilizzare le chiamate dirette per update per evitare questo tipo di sorprese:

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);